La gestión de San Felix Ikastola se estructura en dos niveles de actuación:
Nivel estratégico o de gobierno
OBJETIVOS:
•    Fijar directrices
•    Aprobar los planes
•    Evaluar la calidad del sistema en su despliegue y resultados.
RESPONSABLES:
•    Titular, Consejo Escolar y Equipo Directivo.
Nivel operativo o de funcionamiento
OBJETIVOS:
•    Ejecutar las actividades
•    Desplegar los planes según las directrices del órgano de gobierno.
•    Presentara los resultados y realizar propuestas para la mejora.
RESPONSABLES:
•    Jefe-a de Estudios, Claustro, Dinamizadores-as de etapa, personal docente (área pedagógica) y no docente (área económico-administrativa), AMPA